Может быть, не совсем так? Не экспертиза не пропустила - а Вы не отстояли?
Экспертиза сначала делает замечания, даёт заключение по сметам, с обоснованием.
И никому не возбраняется в ответе на замечания указать документ, отменяющий это пресловутое постановление 729. И показать нормы НК РФ на дозволенные сегодня лимиты оплаты суточных и проживания без отчётных документов - что по 700 рублей можно относить на себестоимость.
Я когда в свою, так сказать, молодость по-первости стала с экспертизами разными работать - так тоже пугалась, что наши подрядчики-проектировщики пишут в ответ на замечания экспертизы: "Замечание не принимается..." и дают обоснование. Ничего, будто бы так и надо.