Вся нормативная литература по ценообразованию в строительстве, бытующая в нашей стране, "рекомендуется для использования..." . Иными словами вы, частные инвесторы, в нашем правовом (говорят, что это так
) государстве можете распоряжаться своими средствами так, как считаете нужным.
Хотите - придерживайтесь правил ценообразования, разработанных Госстроем, хотите - нет, а хотите - частично. Просто придерживаться этих правил обычно проще всего - легче адекватно оценить стоимость строительства.
То есть в чем составлены сметы - ГЭСН, ТЕР, ФЕР, МТСН , и какие там ценовые параметры - это Ваше и Подрядчика дело.
Контролирующие и налоговые органы могут проконтролировать только правильность оформления форм отчетности.
Димон прав - в одной смете можно ТЕР, ФЕР, ГЭСН. Про МТСН ничего не знаю.