Штраф подрядчика

[meam]

Добрый день!
Рассудите следующую ситуацию: в 2016 г.был заключен Муниципальный контракт на монтаж-демонтаж металлоконструкций.
Цена контракта 2100 тыс.
Оплата согласно подписанным Кс-2,кс-3.
Выполнили работы на 1500тыс.Формы подписаны.
В приложении к контракту были указаны определенные работы, в том числе и количественные показатели в единицах.
Заказчик ни до,ни после подписания КС-2,3 никаких претензий не предъявлял как по срокам,по количеству, так и по качеству.
Спустя год, заказчик данные работы так и не оплатил.хотя оплата должна производится спустя 30 дней после подписания форм.
Мы подали в Арбитраж.Ответчик написал отзыв на исковое заявление в мотивировкой,что работы были выполнены не полностью и что хочет применить штраф в размере 200 тыс. за ненадлежащее выполнение контракта.
Часть работ действительно не производила в связи с тем что данные работы были нецелесообразны в связи с тем,что определенные изделия не нуждались в ремонте.Данные работы как раз и не были отражены в КС2,3.
Вопрос: насколько данный отзыв может повлиять на исход Арбитражного процесса или сделано все верно и отчитать по контракту необходимо лишь на основании фактически выполненных работ.