Исполнительная документация исполнительной документации рознь. Если, например, сдаете смонтированные металлоконструкции и заказчик требует сделать исполнительную съемку - то да, должны сделать, за счет своих накладных расходов, но только на те конструкции, на которые требованиями п.4.65 СНиП 3.03.01-87 установлены предельные отклонения; делать, скажем, исполнительную съемку связей подрядчик, строго говоря, не обязан. Аналогично, для друних видов работ. Читайте СНиПы.
А вот если заказчик требует, чтобы вы еще и съемку фундаментов под колонны выполнили - это уже не ваша обязанность, а тех кто делал работы ниже нуля, соответственно это уже их накладные расходы.
Сертификаты на материалы предоставлять придется обязательно, сейчас во всех договорах есть пункт о том, что подрядчик должен использовать материалы надлежащего качества.
Ну а акты на скрытые работы - это в ваших же интересах