Поскольку генподрядный процент - это деньги за конкретные услуги (см. МДС), то налоговая может попросить вас доказать, что эти услуги были оказаны - предъявить документы, подтверждающие ваши расходы на оказание этих самых услуг. И будут совершенно правы)
Но, по нашим реалиям, генподрядный процент - это такой узаконеный откат, когда никаких услуг, окромя заключения договора, оказано не было.
Поэтому, зачастую берется исходная смета ( на 100 рублей), к ней применяют договорной коэффициент (0,97 или сколько), и договор субподряда заключается на 97 рублей. Разница в 3 рубля остается - тот же генподрядный процент, но в договоре он не прописывется...
А вообще, обычно бухгалтерия просит СДО эти деньги так или эдак оформить...