А из перечисленного всё по-разному закрывается. Командировочные - по отдельному расчету с подтверждением затрат. В договоре в "обязательствах сторон" и/или в статье "стоимость" нужно включить пунк: Заказчик компенсирует Подрядчику командировочные на основании таких-то документов.
Транспортные. Что Вы имеете в виду? Если на транспорт материалов и оборудования - то они включаются в сметы (здесь тоже тонкостей много, смотря за счет каких средств строите, но это другой вопрос) и оговорок в договоре не требуют. Должно просто быть написано, что стоимость работ определяется сметой, утвержденной сторонами. То же самое по непредвиденным, если у Вас такая везуха случилась и заказчик Вам их процентом отдает. В смету включили, смету утвердили и всё.