chahal77 писал(а):...на основании каких документов (если МДС, какой номер?) строятся отношения Заказчика и Подрядчика?
Гражданский кодекс, статьи 740- 757 (строительный подряд). А также все МДС как рекомендации, а не обязательные. При установлении в договоре конкретных положений МДС, других нормативов (в т.ч. ФЕР, ТЕР...) такие положения будут обязательными для сторон договора.
chahal77 писал(а):...Может ли небюджетная организация устанавливать свои расценки на работы? Если да, то где это прописано законодательно?
Да, может (по принципу "что не запрещено - то разрешено"). Законодательно прописана обязательность ряда расценок только для бюджетного строительства.
Но "свои расценки" должны быть установлены до заключения договора, если они будут применяться для оплаты выполненных работ.
Кроме того, есть разница между понятиями "небюджетное строительство" и "небюджетная организация". Возможны варианты.