Можно, но в 2 этапа. Сначала поднять до версии 6.1.0.0 инсталлятором или программой мониторинга БД, с использованием скриптов из инсталлятора. Затем поднять до версии 6.1.0.3 патчем соответствующей версии.
Дополню, что Mikle имел ввиду как "скрипты из инсталлятора", это папка SQL, которая в архиве лежит в корне папки Стройофис диска №1. Нужно извлечь ее из архива и в программе мониторинга бд указать путь для обновления...