Вы с Вашим заказчиком нарушили правила изначально
Подряд заключен с твердой ценой, смета приложена проектная институтская с НДС, а мы на упрощенке.
Если Вы на упрощенке, то Вы не должны были договор заключать с о сметой, учитывающей НДС.
То есть договор Ваш заключен с нарушениями.
А нарушения, как известно, "тянут" за собой следующие нарушения.
Поэтому
Все что бы Вы сейчас не сделали, будет неправильно. Правильных решений в данной ситуации просто нет. Ведь у Вас наверняка в договоре указано : "Стоимость договора 100 руб ( условно ), кроме того НДС 18% - 18руб". Подписывая КС-2 на 118 руб, в том числе НДС-0, Вы уже нарушаете договор.
чем добрать недостающую сумму???
Вы можете выбирать из нескольких неправильных решений - какое для Вас и Вашего заказчика удобнее.
Перерасчет стоимости материалов и ЭММ с учетом НДС ?!
И так можно. Вообще, можно любую статью затрат по смете взять и увеличить настолько, насколько Вам надо - совершенно без объяснения. Лишь бы заказчика устроило.
Если стремиться сделать правильно, то тут надо переоформить договор. Вернее, смету к договору.
Сделать смету так, чтобы она была на ту сумму, которую сторонам надо, а оформление чтобы было в соответствии с тем, что Вы на упрощенке. Можно ведь вообще сделать "коммерческую" смету - без деталировки коэффициентов и статей затрат. Показать только, что смета не включает НДС, да и все. А КС-2 уже по этой смете будете оформлять законно - на основании договора.