А не проще ли Вам перед установкой патча скопировать нужные шаблоны в другое место, поставить патч и потом вернуть свои шаблоны в папку excelshabl? Собственно, других вариантов и нет - даже если бы патч обновлял только те шаблоны, в которых были изменения (сделанные СС), то где гарантия, что они сделаны не в том же шаблоне, который Вы изменили "под себя"?