В смете ру. индексы пересчета на открытые ресурсы назначаюся такие как и в расценке, если этот ресурс стоит как самостоятельная строка, на него крутится другой индекс. Как правильно
Правильно назначать на неучтенные материалы собственный индекс.
Если работаете в "Smeta.ru" просто уберите галочку "Копировать от родительской индексы" в параметрах объекта.