компенсация вахтового метода

[Левин]

Наша организация выполняет работы по договору подряда в г.Самара (дислокация самой организации в респ.Башкортостан). Согласно тендерной заявки было обозначена компенсация вахтовым методом в процентном выражении по итогам глав 1-7 ССР. Согласно договора подряда предусматривается выполнение работ по мере поступления проектно-сметной документации и заключения дополнительных соглашений к договору.
Процент вахтового метода был получен из стоимости затрат на организацию вахтового метода, рассчитанной на основе «Методических рекомендаций для определения затрат, связанных с осуществлением строительно-монтажных работ вахтовым методом» (разработаны Федеральным агентством по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству (Росстрой) 2007г.), путем деления на стоимость строительства по укрупненным данным проектного института по главам 1-7 сводного сметного расчета с учетом стоимости материалов.
По уже заключенным дополнительным соглашениям процент вахтового метода начислялся как на строительно-монтажные работы, так и на стоимость материалов. На данный момент Заказчик обозначает, что мы не имеем право начислять процент вахтового метода на стоимость материалов, без обозначения конкретного обоснования, ссылаясь на методические рекомендации.
Прошу Вас дать пояснения по данному моменту, имеем ли мы право начислять процент вахтового метода на стоимость материалов, и не запрещается ли данное начисление какими-либо методическими рекомендациями.